Bonifacio Alfonso nace en San Sebastián en 1933. Aficionado al dibujo desde su infancia, el inicio de su trayectoria artística se sitúa en 1955. Ese año obtiene el primer premio en un concurso de pintura, en San Sebastián, con una composición de influencia cubista, lo que le anima a ingresar la Escuela de Artes y Oficios. Tras diversas ocupaciones, comienza a trabajar como dibujante en un estudio de publicidad. Su amistad con el pintor Julio García Sanz le permite depurar los rudimentos de su oficio pictórico.

En 1958, celebra su primera exposición individual, que tiene lugar en el Ateneo de Guipúzcoa de San Sebastián. Tras una corta experiencia parisina, en la que conoce a Mompó, Cuixart y Saura entre otros, se instala en Bilbao, donde entra en contacto con la galería Grises, espacio en el que suelen exponer los artistas del movimiento El Paso, y donde presenta varias exposiciones individuales en la segunda mitad de la década de los años sesenta. Son años en los que cultiva una abstracción informalista que tiende a ocupar toda la superficie pictórica con amplias manchas de tonos austeros, dispuestas sobre fondos predominantemente blancos. Animado por Fernando Zobel, en 1968, decide trasladarse a Cuenca, donde entabla una estrecha relación profesional con Antonio Lorenzo, que le introduce en las técnicas del grabado y con Antonio Saura, Manuel Millares o el editor Antonio Pérez.

Su estancia en Cuenca se revela fundamental para su evolución artística. En ella se aglomeran mundos deformes, formas aparentemente inacabadas, paisajes compuestos por seres entrelazados. Todo ello, realizado con un cromatismo muy personal. Su estilo vira hacia una figuración de dibujo rotundo, que habita tanto sus óleos como sus estampaciones de criaturas biomórficas, directamente inspiradas en una amplia colección de insectos que acapara en su estudio.

Tras una etapa en la que trabaja como grafista y músico de jazz en Bilbao, se dedica definitivamente a partir de 1968 a la pintura y al grabado. Durante los años setenta su pintura se enriquece. Sin renunciar al valor gráfico del dibujo, trabaja con mayor atención sobre el tratamiento cromático de sus composiciones. Tras una breve etapa de abigarramiento en sus trabajos, que coincide con prolongadas estancias en México, en 1989, año en que traslada su residencia a Madrid, recibe el encargo de diseñar veintiséis vidrieras para la Catedral de Cuenca, en un proyecto en el que también son invitados a participar, entre otros, Gerardo Rueda y Gustavo Torner. Con más de una treintena de ediciones originales, la calidad y originalidad de su producción le hacen valedor del Premio Nacional de Grabado, concedido por la Calcografía Nacional en 1993. Recientemente ha recibido el Premio de las Artes de la Comunidad de Madrid, 2005.