Tras estudiar Filosofía y Letras, Manuel Gutiérrez Aragón se gradúa en 1970 como realizador en la Escuela Oficial de Cinematografía de Madrid. En 1973 debuta como realizador con Habla mudita, obra que recibe el Premio de la Crítica en el Festival de Berlín de 1974 y que es seleccionada para los Oscar. Entre 1974 y 1975, escribe los guiones de Las truchas (ganadora del Oso de Oro en el Festival de Berlín), Furtivo (Concha de Oro en el Festival de San Sebastián) y Las largas vacaciones del 36.

Después dirige algunos de los films que le encumbran definitivamente dentro y fuera de España: Camada negra (1977, Oso de Plata a la Mejor Dirección en el Festival de Berlín), Sonámbulos (1977, Concha de Plata a la Mejor Dirección en el Festival de San Sebastián) y El corazón del bosque (1978).

También escribe y dirige teatro. Entre otros títulos, ha dirigido la versión de Peter Weiss sobre El proceso, de Franz Kafka (1979), o Morirás de otra cosa, para el Centro Dramático Nacional (1982). En 1998 se encarga de la dirección escénica de El Rey de Harlem y de Don Perlimplín, óperas basadas en textos de Federico García Lorca.

En 1991 da el salto a la televisión y dirige la serie El Quijote, galardonada con el Gran Premio del Festival de Cannes y con el Premio Eurovisioni.

En 1993 es elegido Presidente de la SGAE, cargo que ostenta hasta 2001, año en que es nombrado Presidente de la Fundación Autor. Ese mismo año es elegido académico de Bellas Artes de San Fernando. Desde 2000 es, además, Presidente de la Federación Europea de Realizadores Audiovisuales.